Le Shakirail offre des espaces verts préservés permettant le développement d’une biodiversité remarquable à Paris, notamment des petits animaux : hérissons, lézards des murailles et chauves-souris.
Une partie boisée est laissée à l’état semi-sauvage pour permettre le développement et le gîte de nombreuses espèces d’oiseaux, d’insectes et de petits mammifères.
Le Shakirail est à ce titre inscrit comme « établissements refuge LPO », « Zone de Bzzz » et « Oasis nature et biodiversité ».
